Meskipun akhirnya Trunajaya mengalami kekalahan dan dihukum mati, namanya tetap dikenang dan dihormati. Peninggalannya diabadikan dalam berbagai bentuk, termasuk nama jalan, bandara, dan perguruan tinggi.
Universitas Trunojoyo Madura adalah salah satu bentuk penghormatan terhadap jasanya, yang terus berupaya meningkatkan kualitas pendidikan di Indonesia.
" Semoga nama Pangeran Trunojoyo bisa diangkat oleh Pemerintah Pusat sebagai Pahlawan Nasional, mengingat jasanya yang melawan Belanda demi bangsa, bukan karena tahta atau kedudukan!
" ---
Referensi:
1. Ricklefs, M.C. A History of Modern Indonesia since c. 1200. Stanford University Press, 2008. 2. Carey, P.B.R. The Power of Prophecy: Prince Dipanagara and the End of an Old Order in Java, 1785-1855. KITLV Press, 2007. 3. Kartodirdjo, Sartono. The Peasants' Revolt of Banten in 1888: Its Conditions, Course and Sequel. Martinus Nijhoff, 1966. 4. Ricklefs, M.C. Jogjakarta under Sultan Mangkubumi, 1749-1792: A History of the Division of Java. Oxford University Press, 1974. 5. Reid, Anthony. Southeast Asia in the Age of Commerce, 1450-1680. Yale University Press, 1988. 6. Hadiwidjojo, Soenarto. Raden Trunodjojo, 1956, Pamekasan. 7. Fattah, Zainal. Sejarah Tjaranya Pemerintahan di Daerah-daerah Kepulauan Madura, 1951, Paragon Press, Djakarta.

